肛周膿腫術后的愈合時間與發病類型、部位及患者的自身狀況等有關，如有無糖尿病及內科疾病等均影響愈合時間。單純的表皮下膿腫，采取小切口清創、排膿，愈合時間一般為7天；若肛周膿腫位置較深，達括約肌間隙，膿腫引流位置較高，引流不夠充分，需掛線或下引流管沖洗等，愈合時間約需3周，甚至6周方能徹底治愈；復雜性的肛周膿腫并發皮下淺筋膜炎、壞死性筋膜炎等，愈合時間更長，需2-3個月方可治愈。