自然周期一般在排卵后的第3天或第5天安排移植，解凍移植目前常用的方案為人工周期移植和自然周期移植。移植后需要黃體支持治療，一般移植后2周可以測血，檢查是否懷孕。自然周期移植主要針對排卵正常的患者，可以考慮監測排卵，待到成熟卵泡，B超確定排出之后，根據解凍胚胎的情況，可以安排移植。如果移植第3天的凍胚，一般在排卵后的第3天移植，如果移植囊胚，一般在排卵之后的第5天移植。自然周期移植與人工周期移植的妊娠率，目前的研究比較相似，沒有太多區別，并沒有哪種移植方法妊娠率會更高。自然周期移植的好處在于其使用的激素含量一般低于人工周期使用的激素含量，如雌激素或孕激素的含量。但自然周期需要更多的B超監測，對于排卵不好的患者或不排卵的患者，一般無法安排自然周期移植。