消化性潰瘍主要與功能性消化不良相鑒別，功能性消化不良包括餐后不適綜合征及上腹痛綜合征。餐后不適綜合征的患者，表現為進食后上腹部的不適感。上腹痛綜合征臨床表現為上腹痛，可能與進食有關，亦可能無關。該類病人主要通過胃鏡檢查進行鑒別。功能性消化不良的病人，胃鏡檢查可無任何異常或提示輕度慢性胃炎表現。功能性消化不良的病人，一般胃藥治療效果相對消化性潰瘍差。