巨指癥的治療目前仍是先天畸形治療的難點和困難范圍，因為巨指癥是過度生長，并隨著年齡增大而不停生長，甚至把生長過速的皮膚和脂肪切除，仍然會生長。因此巨指癥的治療是一個難點，其次針對不同類型和不同年齡段，也有不同治療。具體如下： 1、生長期：早期的巨指癥，因為手指和腳趾還在生長期，在不能延緩生長的情況下可以做減容術，將皮膚、脂肪、神經做部分切除或軟組織減容。當骨發育到一定程度，巨指生長已經達到正常的骨長度時，可以做骨骺阻滯，將骨垢部分切除，可以使骨頭生長變緩、側偏的畸形得以矯正；2、停止期：如果已經成人，骨發育已經停止，如果影響穿鞋和美觀，可以做截指術，截到所需的手指長度。巨指癥的治療在長度上面的改變比較容易，可以做截指來適應穿鞋和手的外形，但是對寬度的處理比較困難。此外，巨指癥想保留正常外形也比較難，因為截指以后會導致指甲缺失。對于巨指癥如何保持更好的外形和更好的寬度，也做了改進，目前有所進展，已經取得相對較好的效果。