肛瘺患者雖病在表面，實則病灶位于肛門內，單純的外用藥膏治療，只能起到表面治療作用，無法深入病灶，一般臨床不做推薦。若病情需要，可選用一些栓劑，如肛泰栓等，塞在病變部位可有一定幫助。當急性發作期，肛門出現紅、腫、熱、痛或分泌物刺激肛門皮膚，可適當選用消炎類藥緩解，如紅霉素軟膏等。栓劑、口服藥物、中藥坐浴相比外用擦劑效果較好。具體用藥請結合臨床，由醫生面診指導為準。