淋球菌性尿道炎患者首次發病，可以運用頭孢類抗生素，首選頭孢曲松，口服藥物或靜脈用藥均可，靜脈用藥見效較快。如運用其他頭孢類藥物療程相對延長。同時合并其他細菌感染的患者，療程延長。頭孢類藥物過敏者，可用多西環素類藥物。針對非淋菌性尿道炎急性期患者，可用羅紅霉素、紅霉素、多西環素等，患者癥狀完全消失，查體沒有明顯分泌物，無尿道口紅腫，可停止藥物治療，停藥一周后復查病原體。