腳趾甲里面很臭的原因包括真菌感染、衛生不佳等，具體如下：1、真菌感染：為比較常見的原因，如灰趾甲，當皮膚癬菌等致病真菌感染趾甲的甲板后，以甲板角蛋白作為營養來源，分解角質蛋白，同時會產生有臭味的有機物質，這時會聞到趾甲里面很臭，可以通過做真菌檢查加以明確。如果確實是甲真菌病，可以使用內服、外用的抗真菌藥物進行治療。將局部真菌殺滅之后，趾甲可以逐漸恢復正常，同時趾甲的異味也可以逐漸消退；2、衛生不佳：腳趾甲內有臭味可能與局部清潔衛生不足關系比較密切，比如腳部容易出汗，而平時穿的鞋襪比較密閉、不透氣，這種潮濕的環境當中容易滋生細菌、真菌，然后分解汗液、脫落的角質蛋白，產生有特殊氣味的氨類物質等，會出現腳臭的癥狀。主要是加強局部清潔衛生，勤洗腳，鞋襪勤洗、勤曬、勤消毒，這樣才能使腳部的臭味得到消除。