確診為運動神經元病的患者預后通常不好。伴隨著病情延長，多數患者在發病后的3-5年可死于呼吸功能衰竭以及呼吸系統相關的并發癥。少數患者可在伴有終身殘疾的情況下存活較長時間，而有較好醫療條件支持和家庭支持的患者生存期可以得到一定的延長。常規的肌萎縮側索硬化癥或者運動神經元病不存在自愈表現，但是有時可以看到肌萎縮側索硬化癥治愈的新聞，其實更可能是類ALS綜合征的治愈，即類似肌萎縮側索硬化的臨床癥狀得到改善。 在臨床上，診斷運動神經元病需要注意篩查是否存在于腫瘤、甲亢、風濕性免疫病等誘發類肌萎縮側索硬化綜合征的疾病。類肌萎縮側索硬化綜合征與肌萎縮側索硬化癥的治療不同，應以控制病因為主。臨床上曾經有患者前來就診時，表現為典型的肌萎縮側索硬化癥狀，隨訪半年后發現該患者風濕免疫性疾病的相關指標明顯增高。后來按照風濕治療，各項指標恢復正常，11年內肌萎縮側索硬化的癥狀并沒有再次發展。此病例中肌萎縮側索硬化與風濕免疫病的同時出現，較難稱為只是巧合。所以一定要鑒別是原發性的、還是繼發性的肌萎縮側索硬化性疾病。