散發性腦炎是相對于遺傳性或家族性腦炎而言的疾病，其后遺癥根據病原感染的不同而不同。最常見的后遺癥是皰疹病毒性腦炎出現的認知功能下降或癲癇癥狀，其他腦炎一般不會遺留太多的后遺癥。大部分腦炎都是散發性，只有個別腦炎，比如克雅氏病，可能是家族性腦炎或傳染性腦炎，與散發性腦炎不同。但散發性腦炎后遺癥需要根據病情輕重來確定，無論是哪一種病原感染，比如病毒、結核、真菌感染或自身免疫性腦炎，其后遺癥根據病情的不同而異。后遺癥是指患有腦炎腦炎后至少半年無法恢復，遺留的癥狀才稱為后遺癥。臨床上最常見的后遺癥是皰疹病毒性腦炎，最常見的就是認知功能下降，比如記憶力減退、反應減慢。部分病毒性腦炎、結核型腦炎或真菌性腦炎，會出現癲癇的癥狀，部分腦炎的癲癇可能會持續1年，甚至2年。