胚胎停育的原因主要有胚胎染色體異常、夫婦染色體異常、生殖道解剖結構異常、內分泌因素等，具體如下：1、胚胎染色體異常：50%的早期胚胎停育或者自然流產存在胚胎染色體異常，分為胚胎染色體數目異常及胚胎染色體結構異常。胚胎染色體數目異常包括多倍體異常，如三倍體、四倍體，以及非整倍體異常，比如21-三體綜合征、18-三體、13-三體綜合征、Turner綜合征。胚胎染色體結構異常大部分遺傳自染色體平衡異位或者平衡倒位攜帶者父母；2、夫婦染色體異常：包括染色體平衡異位和平衡倒位攜帶者；3、生殖道解剖結構異常：比如子宮縱隔、宮腔粘連、子宮肌瘤、子宮內膜息肉等；4、內分泌因素：比如甲狀腺功能減退、甲狀腺功能亢進、多囊卵巢綜合征、黃體功能不全、高泌乳素血癥、糖尿病等；5、其他因素：如生殖道感染、免疫及血栓性疾病，其中免疫及血栓性疾病約占母體因素的50%-60%，還有男性原因、疾病原因、環境因素、精神因素、藥物因素、不良生活習慣、營養狀況及不明原因的胎停育等。