引起胚胎停育的原因很多，包括男方因素、女方因素、胚胎因素，其中最重要因素是胚胎本身因素。精子和卵子受精之后，精子、卵子本身如果存在問題，或者受精卵出現基因、染色體問題，則會導致胚胎停止發育。胚胎停止發育本身并不是壞事，因為如果胚胎質量出現問題，說明其不符合優生優育的原則，胚胎停育本身是淘汰劣質胚胎的自然過程。 除胚胎本身因素之外，男方精子質量會受到遺傳性因素的影響，從而會引起精子的DNA物質發生問題。還有男性周圍的環境因素，比如環境毒物，吸煙和飲酒，也是很大的影響因素，會對精子質量產生很大影響。此外，女性生殖道畸形、生殖道感染、生殖道腫瘤，還有凝血功能問題以及免疫性疾病、甲狀腺疾病，均可能會對胚胎產生影響，同樣為發生胚胎停育的重要原因。