原發性肝癌普查的首選目標，一個是采血查甲胎蛋白，另一個是腹部彩超檢查。甲胎蛋白是原發性肝癌特異性，或者靈敏性都非常高的指標。如果甲胎蛋白明顯＞400μg/mL，對原發性肝癌診斷意義非常高。如果甲胎蛋白是增高的趨勢，增高超過200μg/mL，需要定期監測。有些肝炎的病人在肝功能受影響的時候，甲胎蛋白也會增高。隨著疾病或者檢查的持續，如果甲胎蛋白持續增高，而肝功能反而持續降低，這時候往往也預示著原發性肝癌的可能性非常高。彩超是原發性肝癌普查最常用的影像學檢測，由于使用方便，是篩查的必要手段，可以檢測到肝內腫塊的影像。但是由于彩超涉及到靈敏度的差異，如果彩超看到肝內有異常的影像表現，需要進一步進行腹部的CT，甚至核磁進行檢查。