一般診斷原發性肝癌需要有幾個檢查支持，首先考慮做B超檢查確定有肝占位。CT或者是MRI強化后，有明顯快進快出的典型表現。做腫瘤標記物檢查，包括甲胎蛋白或者異常凝血酶原Ⅱ明顯升高。一般甲胎蛋白的標準是超過200μg/L，腫瘤＞2cm，或者甲胎蛋白超過400μg/L，B超或者CT檢查發現＞1cm的肝臟結節，伴有明顯快進快出的表現，就可以診斷為原發性肝癌。有些病人B超或者CT檢查，表現出快進快出的表現，但甲胎蛋白或者異常凝血酶原Ⅱ都沒有明顯升高，也不能排除原發性肝癌可能。只要有慢性乙肝、丙肝或者酒精性肝炎的病史，即使沒有甲胎蛋白或者異常凝血酶原Ⅱ明顯升高，但CT檢查、磁共振檢查或者超聲造影檢查有典型的動脈期快進、靜脈期的快出，也可以診斷為原發性肝癌。如果相關癥狀都不典型，還是考慮原發性肝癌的可能，需要B超引導下穿刺活檢進一步明確診斷。