男性生殖系統體格檢查主要以觸診為主，醫生用手觸診睪丸、附睪、精索以及陰莖，也可通過直腸指診方式觸診前列腺，即可將男性生殖系統器官全部檢查到。觸診睪丸時，建議采取直立位，在室溫下將褲子褪到膝蓋以下，醫生用手分別觸診兩側陰囊進行比較，如兩側睪丸大小、軟硬度、附睪情況等，以及有無精索靜脈曲張。對于中老年人，也可通過直腸指診明確前列腺情況，如前列腺大小、軟硬度、有無壓痛及結節等，也可按壓前列腺取前列腺液進行化驗、檢查。體格檢查的內容，通常需要根據男性要求及可能考慮的疾病進行選擇，通過體格檢查可初步排除或尋找到部分病因，為后續深入檢查提供依據。如果發現患者存在精索靜脈曲張，可再進行B超檢查。如果發現前列腺可能存在異常，可進行PSA、前列腺B超甚至核磁檢查等，進一步判斷病因。