激光是治療扁平疣的常用方法，因為疾病治療，既有正作用又有副作用。激光是治療扁平疣的常用治療手段，但是如果數量非常多，大面積用激光治療。 激光是光能變成熱能，高溫作用可以導致皮膚灼傷，把病毒燒死，同時組織也燒傷，受損傷。最常見不良反應首先是局部燒傷、燙傷，導致皮膚繼發細菌感染。另外，如果患者抵抗力非常低，病毒消滅不徹底，可以導致扁平疣再復發或者加重。如果燒灼比較深、程度掌握不好，可以出現瘢痕。炎癥結痂脫落，炎癥消退以后，局部會出現炎癥后的色素沉著或者色素減退。 激光治療扁平疣常用的治療手段，但是有副作用，最常見是繼發細菌感染、病情加重、局部瘢痕、色素沉著或者色素減退等不良反應。