原發性頭痛的發病機制、病因，至今還不是特別的清楚，主要有以下的幾種假說和推論：1、遺傳因素：某些原發性頭痛可能是由于基因的突變導致，即存在有家族史，最經典的是家族性的偏頭痛；2、環境因素以及社會應激心理因素：比如慢性緊張性頭痛，通常是由于環境的改變、生活不適應、工作壓力過大，以及焦慮、抑郁情緒，與這些關系比較大；3、組織胺釋放學說：主要指的是叢集性頭痛，叢集性頭痛的患者與組胺的過度釋放可能有一定的關系，而叢集性頭痛又叫做組胺相關性頭痛；4、內分泌紊亂學說：有部分頭痛的患者通常發生在更年期40-50歲，這部分頭痛的患者可能與內分泌失調、激素調節水平紊亂有一定的關系；5、心源性因素：特指的是一些伴有視覺先兆的偏頭痛患者，尤其是有視覺先兆的偏頭痛，有的時候病因與卵圓孔未閉、心臟結構缺陷有關系。如果是做了卵圓孔的封堵手術，頭痛可以明顯減少，甚至不發，也是比較嶄新的機制。當然還有很多的機制，目前正在研究、正在探討，還不是特別的明確。