卵巢囊腫的危害，多見于卵巢囊腫破裂或卵巢腫瘤蒂扭轉，一般卵巢囊腫沒有太多危害。對于卵巢生理性囊腫，就是卵巢的黃體囊腫，一般發生在排卵后月經后半期，屬于生理性囊腫，對身體沒有危害。而且大多數會自行消失，所以不用處理。而其他囊腫如卵巢炎性囊腫、卵巢子宮內膜異位囊腫，危害主要多見于不孕癥。炎癥分泌物造成輸卵管和卵巢的粘連、包裹，形成輸卵管卵巢囊腫，甚至是膿腫，是造成女性不孕癥的原因。女性急性盆腔炎期間，如果沒有得到很徹底的、規范的治療，會形成慢性炎癥，會形成盆腔粘連、包裹，導致輸卵管的粘連、梗阻，會影響女性懷孕。而子宮內膜異位囊腫也叫巧克力囊腫，是子宮內膜異位病灶，種植在輸卵管和卵巢部位及盆腔腹膜。引起不孕癥的原因很多，其中卵巢巧克力囊腫引起局部的粘連、梗阻，輸卵管不通暢，也是常見原因。