卵巢囊腫的危害不能一概而論。卵巢囊腫是老百姓的說法或初次就診時醫生給出的最簡單的診斷，不同卵巢囊腫存在不同危害。如果最終確定為生理性囊腫，一般無需特殊處理，一次月經后即可自行消失。 如果卵巢囊腫通過醫生檢查發現并沒有消失，且逐漸增大，考慮卵巢腫瘤性病變，需要進行手術剝除，判斷囊腫性質。良性腫瘤手術后對患者并無危害，惡性囊腫可能后期需要進一步處理，對患者身體健康存在危害。 卵巢巧克力囊腫在近兩年發病率越來越高，雖然屬于良性疾病，但剝除后存在復發的可能，后續需要進一步治療。