神經內鏡術后并發癥與手術種類及疾病性質相關。如顱底手術，進行經鼻、經口內鏡手術，其并發癥可見腦脊液鼻漏、出血、感染等情況，此外部分患者術前出現視力下降，但術后可出現視力下降加重，甚至失明的問題。腦室腦池內鏡術后同樣存在并發癥，如腦積水手術，術后患者可出現高熱、尿崩、尿量增多等癥狀，部分患者可見硬膜下積液，或腦積水無緩解需進一步治療的情況。