神經內鏡手術的并發癥以經鼻內鏡手術為例，腦脊液鼻漏永遠是首當其沖的并發癥，顱內感染、嗅覺喪失、鼻中隔偏曲，以及副鼻竇出現炎癥，早期可能是副鼻竇積液，如果積液不及時處理可能會出現鼻竇炎。還有就是與腫瘤有關系，比如垂體瘤病人手術以后會出現垂體功能低下，激素瘤病人可能對垂體功能影響不是很大，早期也需要激素補充，但是很快激素就可以停用。如果腫瘤已經侵襲到顱神經，包括視神經、眼神經，如果已經侵襲到這些神經手術以后可能會出現視力無法達到正常的情況，或者病人出現眼球活動障礙、動眼神經麻痹，都是手術的并發癥。最嚴重的方向就是手術之后鼻腔大出血、鼻衄，如果手術當中損傷頸內動脈，基本上是災難性的，死亡率非常高。