胃腸道間質瘤直徑＜2cm，定期觀察，不需立即手術。直徑＞2cm需要手術。胃腸道間質瘤生物學行為特殊性，手術治療只需病灶局部切除，不需大范圍淋巴結清掃。腫瘤大小、核分裂象、腫瘤原發位置，三個參數決定胃腸道間質瘤的預后，胃腸道間質瘤分為不同復發危險等級，根據不同危險等級決定術后是否進行藥物治療。中低危復發風險，不進行藥物治療，高危復發風險，術后常規藥物治療。