胃壁間質瘤手術效果主要取決于腫瘤分期，或其危險程度。胃間質瘤分為極低危、低危、中危和高危。極低危、中危的患者，腔鏡手術切除后生存率較高，及時治療后十年生存率能達到90%以上。中高危及高危患者，或者發生轉移的患者，其生存率相對較低。胃間質瘤手術以后需用伊馬替尼和二代、三代靶向藥來控制其復發。靶向藥即直達腫瘤，對身體其他細胞的副作用較小，可在一定程度增加治愈幾率。