胃壁間質瘤一經診斷，若未發生廣泛轉移，則可選靶向治療或內鏡下手術治療，多不選用腔鏡手術。若腫瘤大于2cm且50個高倍視野下核分裂象大于10個，惡性程度高于中危，則應行腹腔鏡下胃部分切除術、胃壁間質瘤切除術或近端胃切除術。部分胃壁間質瘤需行全胃切除術，若腫瘤較大，且出現急腹癥，則需先行開腹手術。胃間質瘤的治療需嚴格遵循根治及無留原則，否則易發生腹腔轉移和復發。