大部分子宮內膜異位癥患者會出現盆腔疼痛的癥狀，包括痛經、非經期的慢性盆腔疼痛、心絞痛、排便疼痛等。這種疼痛以繼發性為主，而且呈進行性加重。研究表明引起患者子宮內膜異位的疼痛與神經纖維的異常分布有關。內異癥患者的血清、腹腔積液中，前列腺素的升高水平與疼痛程度呈正相關。縮宮素受體、芳香化酶的升高也會引起子宮平滑肌的收縮性加強，疼痛加重。