子宮內膜異位癥，主要表現是痛經，有時需吃止疼藥，甚至注射止痛針，可造成不孕。如果內膜病變位于宮頸的后方，會出現性交痛。此外，病人會出現月經異常，月經改變。有時會出現較罕見癥狀，如有活性的子宮內膜細胞，經血液到達肺部停留，則在出現月經期間出現咳血癥狀；侵犯到直腸，出現周期性便血；如侵犯到膀胱，出現周期性尿血的癥狀。