頭顱檢查包括顱腦、眼眶、鼻咽及頜面部，涉及到病種較多。顱腦部位，MRI可檢查腦腫瘤、炎癥、腦萎縮、腦積水、腦白質病變等；腹部分為上腹部、下腹部及盆腔，其中，上腹部包括肝臟、膽系、胰腺、脾臟、腎上腺、腎、腎臟、泌尿系。盆腔包括的除膀胱外，女性包括子宮、附件及卵巢，男性包括前列腺、精囊腺。部分疾病如肝臟病變等，進行MRI檢查較好。