偏頭痛伴眼痛，尤其眼周疼痛和眼后疼痛，且同時合并眼睛流淚、結膜充血，首先應考慮叢集性頭痛，為中重度頭痛伴眼痛。建議患者出現眼痛應前往眼科測眼壓確定是否為青光眼，亦應進行核磁檢查，排除顱高壓問題，包括靜脈竇或靜脈血栓。偏頭痛伴發眼睛痛亦可為痛性肌痙攣，痛性肌痙攣多伴有眼球活動障礙及瞳孔變化，表現為眼球向上、向下或向內出現展神經問題，造成眼球活動受限。