直腸癌放射治療的副作用與放射治療部位及腫瘤原發部位有關。首先放化療后出現骨髓抑制即白細胞、血小板減少，醫生會根據減少情況進行對癥治療。其次為盆腔內器官受放射治療后，可能出現相應副反應，如尿急、尿頻、尿路感染等癥狀，部分患者放射治療后出現腹瀉，此種癥狀與小腸受放射治療劑量有關，由主管醫生決定是否需要服用止瀉藥物及補液支持治療。