頸動脈狹窄支架手術是相對較成熟的微創手術，但仍然是有風險的手術，手術在頸動脈部位進行，頸動脈是大腦主要的供血血管，手術過程中細小的血栓會引起嚴重的后果，目前手術不能做到零并發癥，但有一系列防范措施，如保護網、過濾網，可將手術并發癥風險降到最低，常見的嚴重并發癥是腦梗塞、腦出血、圍手術期心血管意外，根據目前臨床研究的數據提示嚴重并發癥發生率較低。