腦膿腫可通過藥物和外科手段進行治療。腦膿腫起始階段，通常通過影像、實驗室檢查確診后可針對性使用抗生素治療。多數患者通過抗生素治療后，感染灶可得到有效抑制；外科治療手段有膿腫穿刺引流，適合病灶較深或位于腦功能區者，若為單發膿腫可采用定向或導航引導下進行膿腫穿刺，膿液抽吸后，形置管引流或抗生素沖洗等。腦膿腫切除手術是相對較徹底的治愈手段，主要適合膿腫位置相對表淺或位于非功能區者。部分患者還可進行開放式引流，可起到減壓引流的作用。