腦膿腫目前主要的治療措施為手術加外周抗生素的綜合治療。膿腫形成以后，可以做頭部磁共振或CT薄掃，定位腦膿腫的部位，再行腦膿腫的定向穿刺，將引流管的頭端，置入到腦膿腫的中心位置，通過穿刺管，使用抗生素進行沖洗，還必須要使用外周的抗生素，來輔助治療、聯合治療。腦膿腫穿出來后，還要明確具體原因，行藥敏試驗，根據藥敏試驗調整抗生素。在長期治療過程中，還要防止腦水腫、腦疝，以及避免膿腫擴散。