大多數的腦膿腫不能自行吸收，細菌達到一定的嚴重程度才會發生腦膿腫，如果不進行對癥處理、支持，較難靠人體自身的免疫功能將細菌全部殺滅。較輕的腦膿腫患者可以進行規范的抗生素治療，以及營養支持等療法，可能協助腦膿腫自行吸收，但也是通過外在因素促進腦膿腫吸收。如果腦膿腫較嚴重，經過規范的抗生素治療后，也可以通過手術、膿腫引流、膿腫切除等治療，患者也可以達到較好的預后。