磁共振是發現中樞器質性病變的重要手段，中樞神經系統的器質性病變又是導致兒童中樞性性早熟的重要病因。因此，對6歲以下或6-8歲進展較快的中樞性性早熟女孩和所有已確診為中樞性性早熟男孩，都應常規進行頭顱部的磁共振檢查，以明確有無顱內器質性病變。常規CT平掃難以發現顱內的微小病變，甚至是一些較大的瘤體，與兒童性早熟有關的腫瘤又多數發生在蝶鞍區。所以在此區域應作增強分層檢查，以提高診斷的準確率。