通常情況下，如果患者懷疑顱內有病變，尤其是成人顱內有病變，首選檢查方法是CT，若CT發現患者有病變，性質無法明確，可選擇磁共振檢查。患者懷疑腦內有病變，CT檢查無顯示，做磁共振檢查可將病變顯示更為清楚。CT檢查掃描相對較快，對比密度分辨率較高，價格較便宜。磁共振價格相對較貴，做頭顱掃描檢查時間相對偏長。且磁共振圖像解讀原理影像表現較復雜，部分低年度醫生可能不會解讀。 目前磁共振發展很快，掃描速度在快速提升。但一般情況下，患者做磁共振的檢查時間要遠大于CT掃描時間，CT只要幾秒鐘即可，磁共振少說要幾分鐘。