胃間質瘤來源于正常胃黏膜下方，內鏡下觀察表面為正常胃黏膜，無法常規進行活檢，與其它胃部腫瘤相鑒別時，如與淋巴瘤鑒別，需要進行活檢。對于影像學評估可以通過手術根治性切除者，通常也不進行活檢。不能根治性切除、聯合臟器切除者，可以考慮進行活檢，采用內鏡下超聲引導活檢，引起腫瘤播散的風險較小。如果選擇經腹腔穿刺活檢，可造成腫瘤破裂、出血甚至腫瘤播散的風險，需予以避免。