胃間質瘤術后需根據手術情況以及術后危險度分級決定是否需要藥物治療，如手術達到根治，即術后臨床未探查到腫瘤殘留，需根據術后病理危險度分級決定是否需要藥物治療。按照常用的NIH2008分級標準，對于低危、極低危患者，術后通常不需進一步藥物治療；中高危患者需要進行術后輔助靶向藥物治療，部分患者至少服用藥物三年；高危患者需要延長輔助治療時間至五年甚至更長。對于未進行根治性手術，僅進行減瘤手術者，術后體內存在腫瘤殘留需要進行藥物治療。