由于無痛腸鏡對人體存在刺激作用，進行無痛腸鏡時需使用麻醉藥物和其它藥物的組合，如鎮靜和止痛的藥物，這些將對人體造成副作用。副作用如下： 1、對呼吸或循環系統產生短暫性抑制作用； 2、在蘇醒期，患者可出現疲倦、惡心、嘔吐，或短時間內判斷力的下降等。 總之，此類副作用屬于可逆的，經短暫休息，麻醉藥物完全代謝后，即可恢復到使用麻醉藥物前的狀態，患者無需擔心。