無痛腸鏡的麻醉與無痛胃鏡以及其他的麻醉方式并沒有區別，是通過在外周開放靜脈通路后通過靜脈給藥來實現。所用的藥物組合與做無痛胃鏡時相同，也就是用少量的阿片類藥物加上短效速效的麻醉藥來實現。 腸鏡的整個檢查時長可能需要20分鐘左右，如果是要做治療的患者，可能需要的時間更長。如果做腸鏡檢查時發現腸子里有可以立即處理的息肉，通常消化科醫生會與患者家屬進行談話和確認，然后進行切掉，這時可能需要進一步延長麻醉時間。總之，麻醉的時程會覆蓋檢查和治療的整個過程，也就是在整個檢查和治療的過程中，患者都處于睡夢的狀態。通常會在檢查結束前提前停藥，等腸鏡退出后1-2分鐘就能喚醒患者，然后在復蘇室里短時間觀察之后就能安全的回到家屬身邊。