復發性口腔潰瘍病因與免疫因素有關，有一部分患者與遺傳因素有關。在門診中發現有50%患者有一定遺傳家族史，還有一部分患者與內分泌因素有關，比如女性患者在月經周期前后較容易潰瘍發作。胃腸道功能紊亂臨床有30%的患者有胃腸道癥狀，還有缺乏維生素或缺乏礦物質原因。病因較多，所以尋找病因時較困難，治療也較困難。但不能病因不明確就不治療，反復疼痛、反復發作都會嚴重影響日常工作和生活。