復發性口腔潰瘍目前為止不能根治，因復發性口腔潰瘍為一個多因素疾病，不可能根治。復發性口腔潰瘍遺傳因素不能控制，即使控制一個因素，如控制飲食因素，可能還有精神因素、勞累、內分泌作用等很多不能控制的因素，故無法根治。對于復發性口腔潰瘍，還存在局部治療和全身治療。局部治療即抹藥，目的為促進潰瘍愈合和減輕疼痛，促進愈合即縮短潰瘍愈合時間。 全身治療即口服用藥，口服藥除可促進潰瘍愈合，還可拉長潰瘍發作的間歇期。如果患者三個月長一次潰瘍，無需服用藥物。若部分患者潰瘍此起彼伏，可口服藥物進行復發性口腔潰瘍的治療，但只可減輕發作頻率。如從一個星期出現一次，變成一個月一次或更長時間出現一次。無特效藥可根治潰瘍，僅可起到緩解作用。