社區獲得性肺炎的主要致病原是肺炎鏈球菌，占社區獲得性肺炎病因當中的40%以上。病毒、細菌或者支原體等，都可能成為社區獲得性肺炎的致病原。病毒包括腺病毒、鼻病毒、呼吸道合胞病毒、柯薩奇病毒等，細菌感染包括肺炎鏈球菌感染，為最多、占40%以上，還有克雷伯桿菌感染、化膿性金黃色葡萄球菌感染、厭氧菌感染、支原體感染或者其他特殊類型的病原體感染。對于社區獲得性肺炎來說，社區獲得性肺炎與相對應的醫院獲得性肺炎相比較，社區獲得性肺炎耐藥菌比例相對會比較低，治療效果相對比較好，預后也比較好。而醫院獲得性肺炎通常耐藥菌的比例比較高，抗感染治療效果會比較差。