依據脊索瘤的部位和體積可決定其手術方法： 1、顱底高位脊索瘤：手術非常困難，僅能進行邊緣切除、刮除； 2、骶椎高位脊索瘤：即第三骶椎以上，依據具體情況可以整體切除或者邊緣性切除，手術效果較差，復發率較高； 3、骶椎低位脊索瘤：即第三骶椎以下，需要進行徹底切除； 4、脊索瘤遠處孤立轉移或者原發于脊柱或者轉移到脊柱：均需對癥手術處理。