脊索瘤的治療方法包括手術切除、放療、化療、微波、射頻消融等。手術切除最為重要，但是脊索瘤位置特殊，手術切除僅能控制疾病發展；放療作用有限，脊索瘤對于放療不敏感，加大劑量，臨近器官無法耐受；對于化療，僅部分分子靶向藥物可以發揮作用，但是會產生耐藥現象。此外，微波、射頻消融僅能輔助治療。總之，脊索瘤治療效果不佳，僅能對癥治療緩解患者癥狀。