腸鏡的檢查在許多醫院是在消化內科進行的。部分醫院也有在外科、普外科或者肛腸外科進行。無論在國內、國外消化內科都是最常做腸鏡的科室。如果患者需要做腸鏡，應在聽取相應專科醫生意見后，醫生會根據腸鏡的適應癥，判斷患者是否需要做腸鏡。如患者需要進行腸鏡檢查，那么腸鏡的準備工作是較繁瑣的，患者應在醫生的指導下做腸道準備，這一點至關重要。