系統性紅斑狼瘡確診主要依據臨床表現和實驗室檢查，臨床上確診有分類標準，最常用的是1997年分類標準，主要是列入部分臨床指標、化驗指標，滿足臨床指標和化驗指標中的幾條，就能診斷系統性紅斑狼瘡。之后又出版2012年的和2017年分類標準，2017年分類標準主要涉及到篩查標準，篩查標準是篩查抗核抗體，如果出現陽性，則需要進入系統性紅斑狼瘡篩查程序。接下來觀察臨床指標，即病人的癥狀、會出現的體征，從容診斷系統性紅斑狼瘡。 臨床上對于系統性紅斑狼瘡的確診，實驗室標準比較重要，最主要實驗標準是抗雙鏈DNA、抗史密斯抗體以及抗核小體抗體，出現抗體陽性，需要考慮是系統性紅斑狼瘡。如果患者僅出現這幾種抗體，而缺乏特異臨床表現，診斷系統性紅斑狼瘡的可能性很大，臨床上可能臟器還沒有出現損害。這類患者仍然要積極治療，不能等到有重要臟器損害以后再去治療。