膽管結石治療需遵從中國肝膽外科元老黃志強院士提出的方針：取盡結石，消除狹窄，切除病肝，通暢引流。其中切除病肝占有特別重要位置。由于膽管結石形成使得反復炎癥刺激造成膽管開口狹窄。若病肝未行切除，結石仍可復發。同時，膽管慢性炎癥長期刺激，可發展為肝內膽管細胞性肝癌，此病變與結石很難區分，甚至術前CT、磁共振都無法鑒別，可能延誤治療。