肝膽管結石的治療要遵循如下原則，即去除病灶，盡量取凈結石，恢復膽道的通暢，保護肝細胞功能。但由于肝膽管結石的位置特殊，臨床上有時很難達到特別好的臨床治療效果。目前對于肝膽管結石主要的治療方式有以下幾種：1、內鏡治療：比如十二指腸鏡、ERCP(經內鏡逆行胰膽管造影)逆行插入，盡量把結石取凈，但因為膽管束向肝內分支越來越細，在特別細小的管道內，目前沒有特別好的器械進入，所以這部分的結石有時很難取出；2、手術治療：不管是做膽管切開取石，放置T管，還是做其他治療，目的也是盡量把結石取凈，保持膽道的通暢性。臨床最多見的是膽管切開取石，留置T管，可以通過T管形成竇道、纖維軟鏡以及膽道鏡，可以反復取石、多次取石，盡量取凈結石。如果某段肝葉或肝段的膽管形成結石，長期形成膽管炎造成肝細胞損害，形成肝纖維化、肝臟萎縮，如果這類病人取石很困難，長期的肝纖維化、萎縮，有可能在后期出現肝臟病變、肝癌病變或肝惡性病變，這類病人如果局限在一側，也可以結合做肝葉切除、取石。