膀胱疼痛需明確病因，然后針對病因進行治療。常見原因為泌尿系統感染，通常患者伴有尿頻、尿急、尿痛、尿液渾濁，有些患者嚴重時還可伴有肉眼血尿，尿常規中白細胞水平可超標。確診后，應采用敏感抗生素進行治療，常用的抗生素包括喹諾酮類藥物，主要為沙星類藥物，如諾氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星等，還有頭孢二代抗菌素如頭孢呋辛、頭孢三代抗菌素如頭孢地尼。此外，還可采用中藥和中成藥配合治療，常用中成藥為熱淋清、泌淋清、銀花泌炎靈等，常用中草藥為金錢草、車前草等。除泌尿系統感染外，還可能是膀胱頻繁發作痙攣，導致患者出現膀胱區疼痛，通常繼發于手術或見于膀胱過度活動癥。患者可采用解除膀胱平滑肌痙攣的藥物，常用的藥物包括M受體阻滯劑，如托特羅定和索利那新，以及β3受體激動劑，如米拉貝隆。