肛瘺臨床分為四類，包括低位肛瘺、高位肛瘺、簡單肛瘺、復雜肛瘺，結合后包括低位單純肛瘺、低位復雜肛瘺、高位單純肛瘺、高位復雜肛瘺。通常肛瘺穿過外括約肌的深部平面以上稱為高位肛瘺，如果在外括約肌深部平面以下是低位肛瘺。 肛瘺內口通常在齒狀線位置，齒狀線是肛管和直腸黏膜相結合處的一條鋸齒狀線，存在多種結構組成，包括肛柱、肛隱窩、肛門瓣。低位肛瘺通常只有一個外口，所處位置在外括約肌深部以下，對應內口一般在對應齒狀線加深的肛隱窩處。