腦炎的嚴重程度決定是否會留下后遺癥，部分腦炎患者可以痊愈，而部分患者甚至付出生命代價。由于侵害腦部的病毒較弱或較少，因此部分患者能痊愈，反之則有可能留下后遺癥，嚴重時危及生命。若病毒損害部位位于額葉或顳葉，影響較小；若損害位于間腦部位，可能危及生命。腦炎對其他臟器影響較小，若后期護理得當，腦炎可痊愈。腦炎后遺癥臨床常表現為肢體運動障礙，精神方面改變，嚴重時可危及生命。